Wenn die Echokardiographie zur Klärung der anatomischen Situation ungenügend ist, ist das MRI die Untersuchung der Wahl. Die beim Ultraschall störenden Strukturen wie Rippen, Fett, Thoraxwand, Lunge etc 'durchdringt' das MRI problemlos. Vor allem bei angeborenen Herzfehlern, Kardiomyopathien, Stoffwechselerkrankungen und bei der Frage, ob die Durchblutung des Herzens normal ist, ist die Untersuchung eine grosse Hilfe. Der Nachteil ist, dass die Untersuchung extern in einer Klinik durchgeführt werden muss.
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